卓越工程师工程博士生培养是响应国家重大战略需求、应对多元知识生产模式挑战、弥补关键领域高层次创新型人才缺口的重要手段。卓越工程师工程博士生培养以“卓越”为引领,强调深度产教融合,突出“前瞻性、前沿性、敏捷性”,培养具备“领军力、包容力、协整力”的战略科技人才。基于以往校企协同培养过程中的重点、难点和堵点,总结出卓越工程师工程博士生培养过程中需处理好的关键问题及其破解路径,以期为未来卓越工程师工程博士生培养提供借鉴。