明清之际，湖北地方官学虽有一定程度的发展，但随着封建科举制度弊端凸显，以科举应试为中心的地方官学教育系统日趋式微。这一时期湖北人口剧增，经济社会发展较快，地方社学、义学、私塾等启蒙教育、基础教育发展迅速，官学无法满足地方中等教育的需要。因此，书院取代湖北官学，成为地方培养人材的主要教育场所和科举应试的教育机构。同时，湖北书院也是地方的学术、文化中心。